保护区的主要保护对象是：高原湿地、湿地鸟类及其赖以生存的湿地生态系统。拉市海湿地生态系统具有高原湿地的典型性和代表性，结构较为完整，生物多样性丰富而独特，是许多候鸟的越冬地和迁徙要道，是丽江主城区的重要水源地和生态保护重点区。
    资源结构丰富完整，拉市海保护区不仅拥有丰富的鸟类资源、珍稀动植物资源和高原湿地原始、秀美、神奇的自然景观特色，还沉淀了淳朴、神秘、个性鲜明的多民族风情以及千百年来形成的历史文化底蕴。
    保护区生物物种丰富。截至目前，已记录到植物566种，其中湿地植物150种，陆生植物416种。记录到动物326种，其中鱼类25种、两栖爬行31种、哺乳动物35种，鸟类238种（列入中国水鸟名录的水禽98种），国家Ⅰ、Ⅱ级保护鸟类有36种。
    拉市海丰富的景观资源：拉市海保护区有独特的村寨田园风光及人文价值，具有冰川地貌、流水地貌、湖成地貌、喀斯特地貌、构造地貌等不同地貌类型和组合特征，生境类型多样，由草甸、沼泽、水面、农田、村落、湖周山地灌丛森林构成。四周山岭环绕，碧水蓝天、雪山森林和开阔草甸共同构成生态系统完整多样，独特绚丽，多姿多彩的自然景观。
    民俗文化绚丽多彩：拉市海保护区及周边社区是以纳西族为主的多民族聚居区，保留了纳西族典型的民居建筑风格、最原生态的风土人情和民族文化。纳西族主要居住在坝区及河谷地带，藏族、彝族分布于高山盆地、山地和山腰。